Bevor er sich der (Musik-)Theaterregie widmete, stand Stephan Witzlinger zunächst 13 Jahre als Musicaldarsteller auf der Bühne und wirkte in zahlreichen Musicals, Opern und Sprechtheaterproduktionen als Sänger und Schauspieler sowie als Puppenspieler mit. Er kann auf eine lange Liste an Engagements verweisen, u. a. am Burgtheater Wien, Theater Regensburg, Theater Koblenz, der Komischen Oper Berlin, dem Staatstheater am Gärtnerplatz München sowie dem Theater des Westens Berlin.

Bereits während seines Studiums der Theaterwissenschaft an der Universität Wien begann er, eigene Regiearbeiten zu verwirklichen. So inszenierte er in dieser Zeit zahlreiche Komödien mit Amateurtheaterensembles, darunter Otello darf nicht platzen, Ladies Night, Es war die Lerche, Cyrano in Buffalo, Das perfekte Desaster Dinner, Der nackte Wahnsinn, Pension Schöller und der Klassiker Jedermann.

Im professionellen Bereich folgten bald mehrere Uraufführungen (u. a. am Dschungel Wien): eine selbstverfasste Adaption von Alice im Wunderland, Das wichtigste und größte Buch der wortgewandtesten Wörter sowie Dumpfbacke. Mit Anatevka inszenierte er sein erstes Musical. Es folgte Die Werkstatt der Schmetterlinge an den Kammerspielen Wiesbaden und im Februar 2020 Peter Maxwell Davies’ Die beiden Fiedler an der Staatsoper Hamburg, wohin er 2023 für Die Reise zum Mond zurückkehrte. Seit der Spielzeit 2021/22 ist er zudem als Abendspielleiter am Theater Erfurt engagiert. Im Frühjahr 2022 brachte er mit großem Erfolg Joseph and the Amazing Technicolor Dreamcoat zur Premiere.

In der Spielzeit 2022/23 wurde seine erfolgreiche Inszenierung des selbst verfassten Stücks Rotkäppchen muss weinen in Koblenz und am Theater Erfurt gezeigt. Außerdem übernahm er kurzfristig die Regie von Glucks Telemaco am Theater Erfurt.