Tsai-Ju Lee begann ihre Dirigiertätigkeit bereits während ihres Masterstudiums im Dirigieren an der Hochschule für Musik und Theater Leipzig, wo sie sowohl als Pianistin als auch als Dirigentin in zahlreichen Musiktheaterproduktionen tätig war. Seit 2021 ist sie als Solorepetitorin und Chorassistentin mit Dirigierverpflichtung am Theater Magdeburg engagiert und war dort an einer Vielzahl von Opernproduktionen beteiligt. Als musikalische Leiterin und Dirigentin übernahm sie zudem die Einstudierung und Leitung von Chorpartien in Produktionen wie Peter Grimes, Der Zigeunerbaron und Die Zauberflöte.

Ihr besonderes künstlerisches Interesse gilt dem zeitgenössischen und experimentellen Musiktheater sowie innovativen Konzert- und Musiktheaterformaten, die neue Zugänge zur Musik schaffen und das Publikum unmittelbar einbeziehen. Als musikalische Leiterin war sie unter anderem an den Kinderopern Laika, die Weltraumhündin und Die unbedingten Dinge beteiligt. Darüber hinaus entwickelt sie gemeinsam mit dem Orchester Sinfonia Leipzig Projekte, die Oper einem neuen Publikum zugänglich machen. In diesem Rahmen dirigierte sie unter anderem Rusalka, Don Giovanni und Walküre.

Als Dirigentin arbeitete Tsai-Ju Lee mit Orchestern wie der Magdeburgischen Philharmonie, dem Leipziger Sinfonieorchester, den Savaria Symphonikern, der Mitteldeutschen Kammerphilharmonie und dem Pilsner Philharmonischen Orchester. 2026 beginnt sie die Advanced Professional Training for Conductors an der Universität der Künste Berlin.